El término municipal de Daganzo de Arriba se encuentra en la región Este de la Comunidad de Madrid, a 33 kilómetros de Madrid, capital del Estado. Latitud: 40° 32' 43'' N - Longitud: 3° 27' 30'' O. La superficie aproximada del término es de 44 Km². La altura media es de 673 m.s.n.m.
El Espacio Red Natura 2000 al que pertenece Daganzo, se ubica casi en su totalidad (99,21 por 100) en la región fisiográfica de la Cuenca o Meseta, correspondiendo a dos dominios fisiográficos. El más extenso es el de llanuras aluviales y terrazas. El segundo, está constituido por interfluvios y vertientes que enlazan las llanuras y terrazas con las superficies altas mediante un relieve escalonado formado, fundamentalmente, por terrazas, vertientes-glacis, barrancos y vaguadas.
Los materiales litológicos que predominan en este segundo dominio son arcosas y arcillas (facies Guadalajara) del Mioceno, y se encuentran distribuidos en dos unidades estratigráficas súper-puestas. La inferior es de edad Mioceno medio y aflora en algunas zonas como las márgenes de los valles del Jarama, Torote y Camarmilla, en Ajalvir y Daganzo de Arriba. La unidad superior es del Mioceno superior a Plioceno inferior. Se sitúa encima de la anterior, por lo que sus afloramientos se localizan en las zonas topográficamente más altas (por ejemplo: Cobeña, Algete y Alalpardo). Sobre estos materiales se asienta el resto de formaciones superficiales de poco espesor, directamente relacionadas con la evolución reciente del relieve.
En relación con los cursos de los principales ríos y arroyos (Jarama, Henares, Torote y Camarmilla) aparecen depósitos aluviales cuaternarios distribuidos en hasta tres niveles de terrazas: Gravas y conglomerados del Pleistoceno inferior y medio en terrazas altas; arenas, gravas y limos del Pleistoceno medio en terrazas medias; y arenas, gravas y limos del Pleistoceno
El curso fluvial más importante que discurre por el término municipal es el río Torote, el cual se encuentra al Este del casco urbano, cruzando Daganzo de Norte a Sur. Este río es afluente del Henares, desembocando en éste ya en el término de Alcalá de Henares.
El siguiente curso fluvial en importancia es el arroyo del Monte, el cual discurre por el casco urbano de Daganzo, atravesándolo de Norte a Sur, existiendo tramos canalizados e incluso se puede observar la creación de una presa artificial.
La red de arroyos y arroyuelos de inferior tamaño, caudal y categoría, se trata de una red de cursos fluviales que aparece y desaparece en función del año hidrológico y, normalmente, están asociados a los cerros y desniveles suaves existentes en el término municipal.
